Le secteur Santé contribue à l'amélioration de la couverture sanitaire et de la qualité des soins.

Il aide les Associations de Santé Communautaires (ASACO) à mieux gérer les Centres de Santé Communautaires (CSCOM), dispensaires de proximité.

Il a initié un projet de médecine scolaire pour que les enfants puissent bénéficier de visites médicales préventives et curatives.

Il forme les comités de gestion scolaire et le personnel des dispensaires, ainsi que les enseignants et les élèves en santé préventive.

AM mène en réseau un projet de prévention en matière de santé bucco-dentaire et mène également un programme d'information des jeunes, en milieu scolaire et extra scolaire, sur les IST VIH-SIDA, par la mise en place et la formation de relais dans les écoles en formant des pairs éducateurs .

le secteur santé soutient une association de "femmes relais" qui diffuse dans la population des messages de bonnes pratiques en matière d'hygiène, d'alimentation, de vaccinations, de planification familiale, de suivi de grossesse et de prévention contre le paludisme, de la lutte contre l'excision.

Il coordonne le réseau des intervenants auprès des orphelins et des enfants vulnérables pour la prise en charge médicale médico-sociale des jeunes les plus vulnérables dont les enfants des rues.

Il participe à la mise en oeuvre du projet de réduction de la mortalité maternelle et infantile, dit "Santé Mère Enfant " projet de coopération décentralisée entre les mairies de Mopti et de Maurepas. AM est en charge du volet communautaire.

Certaines de ses activités vont être étendues à 2 communes rurales du Cercle de Mopti : Kona et Borondougou.